Hjelp oss å gjøre siden kjent – tips en bekjent:
Al-Qaidas framvekst på slutten av 1980-tallet var et direkte resultat av en væpnet konflikt mellom et kommunistisk, sovjetstøttet styre i Afghanistan, som Sovjetunionen prøvde å holde ved makten ved å invadere landet i 1979, og afghanske opprørere. Opprørerne tiltrakk seg ikke bare amerikansk støtte, men også frivillige fra hele den muslimske verden i krigen mellom 1979 og 1988.
De kom til regionen for å støtte afghanske mujahedin (motstandskjempere) i deres kamp mot den sovjetiske overmakten. De fleste deltok i humanitært arbeid, men noen støttet også mujahedin med penger, logistikk og direkte i kamper. Blant dem som kom til regionen på denne tiden, var både Osama bin Laden, Ayman al-Zawahiri og andre som senere kom til å bli sentrale medlemmer av al-Qaida. Den felles krigsinnsatsen gjorde at det ble dannet tette bån d mellom de arabiske frivillige krigerne og enkelte lokale mujahedin.
Kontaktene som Osama bin Laden opprettet i Afghanistan på 1980-tallet, skulle komme til nytte senere. Under borgerkrigen i Afghanistan (1992–96) dro mange av al-Qaidas medlemmer til Sudan, hvor de ble gitt et midlertidig fristed av den sudanske lederen Hassan al-Turabi. Men i 1996 ble bin Laden presset til å forlate Sudan, og han dro derfor tilbake til Afghanistan på invitasjon fra en gammel alliert fra 1980-tallet, Yunus Khalis, som holdt til i Jalalabad øst i Afghanistan. Noen få måneder senere tok Taliban-bevegelsen makten i landet, og bin Laden flyttet til den sørlige byen Kandahar på oppfordring fra Talibans øverste leder, mulla Muhammed Omar.
Al-Qaida og Taliban utviklet etter hvert et nært samarbeid . Selv om flere av Talibans medlemmer også var skeptiske til å være vertskap for den frittalende bin Laden. Men skeptikerne nådde ikke fram med argumentene sine, og Taliban-ledelsen var uansett mest opptatt av å krige mot andre fraksjoner i Nord-Afghanistan. Al-Qaida fikk dermed mulighet til å bruke Afghanistan som base for sin globale kamp . Denne kampen toppet seg (kulminerte) i terroranslagene mot New York og Washington den 11. september 2001.
Etter 11. september svarte USA med å invadere Afghanistan og styrte Taliban . Mange medlemmer dro tilbake til hjemstedene sine og «smeltet» sammen med lokalbefolkningen, mens andre flyktet til Pakistan. Al-Qaida og de andre utenlandske krigerne i Afghanistan kunne ikke gjemme seg bort så lett, og flyktet derfor til nabolandene, hovedsakelig Pakistan . Her bygde de opp et nytt fristed blant pasjtunske stammer i Nordvest-Pakistan , spesielt i området kjent som FATA (Federally Administered Tribal Areas, ofte omtalt som stammeområdet) og deler av NWFP (North-Western Frontier Province).